恐怖分子在一间教堂里散播病毒，导致俄罗斯东部一座城市完全消失。同样的噩运即将降临日本，日本警视厅严阵以待，并请18岁的天才黑客高木藤丸（三浦春马 Haruma Miura 饰）协助参与其中。藤丸的父亲也是警察，原本负责这起案件，后因卷入误杀事件而被通缉。恐怖组织的折原麻弥（吉濑美智子 Michi

　　扣人心弦的《血色星期一》第二部再次席卷而来。天才黑客高木藤丸（三浦春马 饰）这次又会遇到什么棘手的问题呢？　　第一部的最后，藤丸和其朋友力挽狂澜地阻止了病毒危机。而这次他们面临的则是更加令人恐怖的核弹恐怖计划。在病毒危机结束后两年，受其影响的藤丸决定再也不碰电脑，可是他还是不能组织自己和朋友九条

　　因为偷税事件，曾经处于精英组的百合根友久（冈田将生 饰）被踢到早先成立的科学搜查班（ST）担任指挥官，通过之前的合作，虽然百合根始终未能完全接受青山翔（志田未来 饰）、结城翠（芦名星 饰）、黑崎勇治（漥田正孝 饰）、山吹才藏（三宅弘城 饰）以及ST实际领导者赤城左门（藤原龙也 饰）这群怪人的行径